Начиная с 2011 года РЕН ТВ почти каждый день показывает документальные фильмы маргинального характера, в том числе на тему теорий заговора, уфологии и альтернативной истории, городских легенд и т. д. Многие фильмы (все собственного производства РЕН ТВ) этой тематики критикуются за низкий уровень профессионализма. Некоторыми представителями научного сообщества данные фильмы оцениваются как «сборная солянка научных сведений, намеков мистического свойства и „предсказаний Нострадамуса и Ванги“». В 2011 году Учёный совет Государственного астрономического института (ГАИШ) опубликовал заявление, в котором призвал российских учёных не давать интервью телеканалам ТВ-3 и РЕН ТВ в связи с изобилием на указанных каналах телепередач лженаучного характера, часто формирующихся «путём бессовестной компиляции различных частей научных передач с участием учёных-профессионалов с нанизыванием на эти научные части бредовых измышлений продюсеров и журналистов».

В сентябре 2013 года на канале РЕН-ТВ вышел фильм «Диагностика РАН», жанр которого скорее походил на пасквиль, чем на критику. После выхода фильма ряд учёных, принимающих участие в нём, выступили с открытыми заявлениями о том, что путём монтажа искусственно вырванных отдельных фраз авторами фильма был достигнут совершенно иной смысл. По итогам этого фильма Ученый совет Государственного астрономического института им. П. К. Штернберга МГУ им. М. В. Ломоносова выпустил заявление «по поводу грязных методов работы некоторых средств массовой информации и, прежде всего, телеканалов ТВ-3 и РЕН-ТВ» с целью предупреждения других учёных.

В феврале 2015 года телеканал получил Антипремию в рамках премии Министерства образования и науки РФ «За верность науке». Согласно положению об Антипремии, на неё номинируются «СМИ и другие организации, особенно активно распространявшие на широкую аудиторию лженаучную и антинаучную информацию в течение 2014 года».